• Khoa Không Lưu;
• Khoa Cảng Hàng Không;
• Khoa Cơ Bản;
• Khoa Vận tải hàng Không;
• Khoa Bổ Túc cán Bộ & Hợp Tác Quốc tế;
• Khoa Điện tử viễn thông Hàng Không.
• Khoa kĩ thuật hàng không

Bên cạnh đó, Học viện Hàng không Việt Nam còn đào tạo trung cấp chuyên nghiệp các ngành Kiểm soát không lưu, Vận tải hàng không, Khai thác cảng hàng không, Điện tử viễn thông hàng không và Trung cấp nghề.